La pugna entre federalistas y centralistas comenzó desde temprano. El Libertador consideraba el federalismo como un sistema débil, que dividía las fuerzas del gobierno en vez de unirlas y pensaba que no era propicia en aquellos días difíciles de la República, con la economía por los suelos, quiebra total, falta de recursos y situación política de separación.
En los congresos de Angostura y de Cúcuta no hubo oposición a la idea centralista. A partir de 1821 y terminada la guerra de independencia de Venezuela los federalistas vuelven de nuevo a tratar de implementar la forma de gobierno federal. Ya en esta etapa se comienza atacando la Constitución de Cúcuta y la Jefatura del Libertador.
En 1826 estalló el movimiento de la Cosiata en Venezuela, ya a este nivel la desintegración de la Gran Colombia es un hecho irreversible. Era imposible detener a Páez. La actitud de Venezuela era definida. Todo se conjuraba en contra de la integración: diferencias de criterio, la geografía, el aislamiento de Caracas; Cuna de la Independencia de América; la hostilidad de Santander contra algunos venezolanos y la de algunos venezolanos contra Santander, la ambición de Páez, el intento de asesinato de Bolívar, todo contribuyo a la desmembración.
En 1826 la Cosiata en Venezuela y con Páez; y en 1828 la Convención de Ocaña con Santander; constituyen episodios importantes de la lucha entre federalistas y centralistas. La Cosiata separó a Venezuela de la Gran Colombia y la Convención de Ocaña dio al traste con las últimas esperanzas de salvar la unidad de Colombia. El fracaso de la Convención de Ocaña, la dictadura de Bolívar y mas tarde su separación definitiva del gobierno, marcan el fin de la lucha entre federalistas y centralistas durante la etapa Gran Colombiana de la historia nacional.
La Convención de Ocaña significa también el triunfo de la intriga federalista la cual se llevó a cabo con gran celo y se podría decir hasta con odio. “Santander y sus partidarios – le escribía Bolívar a Caraballo – aumentan cada día su desenfreno y ojalá que nuestros amigos estuviesen animados del mismo celo fanático. Santander llega al extremo de salir a los caminos reales en busca de partidarios ofreciendo casa y comida a los diputados que entran en Ocaña”.
El 9 de abril de 1828, con sesenta y ocho diputados se instaló solemnemente en Ocaña la gran convención constituyente que aspiraba reformar la Constitución de Cúcuta que permitiera llenar adecuadamente los vacíos observados en ella durante los años de vigencia. Bolívar presentó en la convención un mensaje conciliador que suponía un cambio de régimen, uno presidencial sólido, con un gobierno firme, poderoso y justo. Pero claro está que Santander y los federalistas tenían otros planes. Se presentaron dos proyectos: federalista y centralista
El 10 de junio de 1828 se protocolizó la disolución de la Convención de Ocaña. El grupo boliviano se retiró de la convención alegando como un deber para “salvar a la patria”. Los diputados santanderistas protestaron a su vez. Así fracasó la convención y se abrió el camino para la dictadura, la crisis y la desintegración de Colombia, ese gran estado nacional que se había convertido en el sueño político del Libertador Simón Bolívar.
Bolívar representaba el continentalismo democrático frente al nacionalismo de las clases dirigentes criollas interesadas en impedir toda organización que implicara el quebrantamiento de sus privilegios, optaron por convertir el regionalismo en nacionalismo.
La dictadura de Bolívar solo puede comprenderse cuando se le sitúa dentro del marco de esta perspectiva histórica. Y en la proclama donde asumía la dictadura, decía Bolívar: “¡Colombianos! No os hablaré nada de libertad, porque si cumplo mis promesas seréis mas que libres, seréis respetados; además bajo la dictadura ¿Quien pude hablar de libertad?; compadezcámonos mutuamente del pueblo que obedece y del hombre que manda solo”.